「花の百名山」のリストを以下に載せます。
花の百名山にも何パターンかあるようですが、ここでは昭文社の
「日本200名山を登る(上巻)」に載っている花の百名山を載せます。

「花の百名山」と「日本百名山」とがどれだけ重なっているかを
調べてみました。
「花の百名山」=「日本百名山」となっているものには○印をつけましたが、
このようなケースは30例ありました。

一方、「花の百名山」が「日本百名山」の一部分に含まれているものには
●印をつけましたが、このようなケースは以下のものがあります。
南蔵王(蔵王山に含まれる)、大室山(丹沢山に含まれる)、
涸沢岳(穂高岳に含まれる)、稲村ヶ岳・八経ヶ岳(大峰山に含まれる)、
大船山(九重山に含まれる)、韓国岳(霧島山に含まれる)
花の百名山としては7座、日本百名山としては6座が、これに該当します。
宝剣岳が木曽駒ケ岳に含まれるかは微妙なところですが、
ここでは含まれないものと考えました。

また黒斑山は現在登山禁止になっている浅間山の代替として、
「日本百名山」に数えられることもあるようです。
これも「花の百名山」が「日本百名山」に含まれるケースと
見なしていいのでは?

大室山というのは、伊豆の大室山なのかとも思いましたが、
「テンニンソウ」をキーワードにHP検索をしたら、
やはり丹沢の大室山のようです。
ただ伊豆の大室山も花の名所ではあるので、
行く価値は十分にあると思います。

逆に、「花の百名山」が「日本百名山」を含んでいるものには
◎印をつけましたが、このようなケースは以下の3例があります。
朝日連峰(朝日岳を含む)、飯豊連峰(飯豊山を含む)、
荒川岳(悪沢岳を含む)
ただし、「朝日連峰」=「朝日岳」、「飯豊連峰」=「飯豊山」
と解釈してもいいのでは?という気もします。

こういった現象は、「花の百名山」と「日本百名山」の定義付けの
性質の違いから来ているのでしょう。
いずれにしても、最大で41座が重なっていることになり、
結構重なっていると思いました。

「日本百名山」に比べて比較的登りやすい山が多いようなので、
いつの間にか「花の百名山」のうちの何座かには登頂していた
という人も多いのではないでしょうか。
でもちゃんとその花の季節に行ったという人は少ないのでは?

「花の百名山企画」というのも面白いかも知れませんね。

 「花の百名山」リスト
  1 礼文岳(北海道) レブンアツモリソウ 6月上
  2○利尻山(北海道) リシリヒナゲシ 7月上〜9月上
  3 暑寒別岳(北海道) マシケゲンゲ 6月下〜7月中
  4 硫黄山(北海道) シレトコスミレ 6月下〜7月中
  5○大雪山(北海道) ホソバウルップソウ 7月上〜7月中
  6 富良野岳(北海道) エゾルリソウ 7月上〜7月下
  7 夕張岳(北海道) ユウバリソウ 6月下〜8月上
  8 アポイ岳(北海道) ヒダカソウ 5月上〜5月下
  9○八甲田山(青森) ヒナザクラ 6月下〜7月上
 10○八幡平(秋田/岩手) タチギボウシ 8月上〜9月上
 11 和賀岳(岩手/秋田) ニッコウキスゲ 7月中〜7月下
 12 焼石岳(岩手) ヒオウギアヤメ 7月上〜8月上
 13 栗駒山(宮城/岩手/秋田) マシケゲンゲ 6月下〜7月中
 14○早池峰山(岩手) ハヤチネウスユキソウ 6月下〜7月中
 15 五葉山(岩手) ハクサンシャクナゲ 7月中〜7月下
 16●南蔵王(蔵王山)(宮城) サラサドウダン 6月上〜7月上
 17 田代岳(秋田) ミツガシワ 6月中〜7月中
 18 森吉山(秋田) ショウジョウバカマ 6月中〜7月上
 19 秋田駒ヶ岳(秋田) タカネスミレ 6月中〜7月上
 20○鳥海山(山形/秋田) チョウカイフスマ 7月下〜8月上
 21 神室山(山形/秋田/宮城) ミネザクラ 4月上〜5月上
 22○月山(山形) ミヤマクロユリ 6月下〜7月上
 23◎朝日連峰(朝日岳)(山形/新潟) ヒナウスユキソウ 7月上〜7月中
 24◎飯豊連峰(飯豊山)(山形/新潟/福島) イイデリンドウ 7月下〜8月下
 25○安達太良山(福島) ウラジロヨウラク 6月中〜7月中
 26○会津駒ヶ岳(福島) ハクサンコザクラ 7月下〜8月上
 27 高鈴山(茨城) イワウチワ 4月中〜4月下
 28 石裂山(栃木) ハルトラノオ 4月中〜4月下
 29 三毳山(栃木) カタクリ 3月下〜4月上
 30○至仏山(群馬/新潟/福島) ミズバショウ 6月上〜6月下
 31 蓬峠(群馬/新潟) シラネアオイ 5月中〜7月上
 32 平標山(新潟/群馬) キンコウカ 7月中〜8月上
 33 伊豆ヶ岳(埼玉) アズマイチゲ 3月中〜5月上
 34○両神山(埼玉) ニリンソウ 4月上〜5月上
 35 高水山(東京) マンサク 2月中〜3月下
 36 川苔山(東京) ミツバツツジ 4月上〜4月下
 37○雲取山(東京/埼玉) シモツケソウ 7月上〜8月下
 38 高尾山(東京) スミレ 4月上〜5月中
 39 天上山(東京) オオシマツツジ 5月中〜6月上
 40 大楠山(神奈川) フユノハナワラビ 11月下〜12月上
 41●大室山(丹沢山)(神奈川) テンニンソウ 8月下〜9月中
 42 高松山(神奈川) キブシ 3月下〜4月上
 43 神山(神奈川) ベニバナヒメイワカガミ 5月中〜5月下
 44 幕山(神奈川) タツナミソウ 5月下〜6月下
 45 ドンデン山(新潟) オオミスミソウ 4月中〜5月中
 46○苗場山(新潟/長野) トキソウ 8月上
 47○火打山(新潟) ミョウコウトリカブト 8月中〜9月中
 48 大日連峰(富山) タテヤマリンドウ 8月上〜8月下
 49 五色ヶ原(富山) コツガザクラ 8月中〜8月下
 50○黒部五郎岳(富山/岐阜) チングルマ 7月中〜8月上
 51○白山(岐阜/石川/福井) ハクサンシャジン 7月下〜8月中
 52○甲武信ヶ岳(山梨/埼玉/長野) ベニバナイチヤクソウ 6月上〜7月
 53 百蔵山(山梨) マルバスミレ 4月中〜5月上
 54 二十六夜山(山梨) エイザンスミレ 4月上〜5月中
 55 三ツ峠山(山梨) フジアザミ 8月下〜10月上
 56 櫛形山(山梨) アヤメ 7月上〜7月下
 57○北岳(山梨) キタダケソウ 6月中〜7月上
 58 戸隠山(長野) トガクシショウマ5月上〜5月中
 59 志賀高原(長野) エゾリンドウ 8月下〜9月中
 60○白馬岳(長野/富山) ウルップソウ 7月中〜8月下
 61 針ノ木岳(長野/富山) キヌガサソウ 6月上〜8月上
 62 双六岳(長野/岐阜) トウヤクリンドウ 8月中〜9月上
 63○槍ヶ岳(長野/岐阜) ハクサンイチゲ 7月下〜8月下
 64●涸沢岳(穂高岳)(長野/岐阜) クルマユリ 8月上〜8月下
 65 燕岳(長野) コマクサ 7月上〜8月下
 66 蝶ヶ岳(長野) ミヤマキンポウゲ 7月中〜8月中
 67 根子岳(長野) ウメバチソウ 9月上〜9月下
 68 高峰山(長野) ヒメシャジン 8月上〜8月下
 69●黒斑山(浅間山)(長野/群馬) アキノキリンソウ 8月中〜11月下
 70 鉢伏山(長野) マツムシソウ 8月中〜9月上
 71○霧ヶ峰(長野) ヤナギラン 6月中〜8月中
 72 入笠山(長野) スズラン 6月中〜7月上
 73 宝剣岳(木曽駒ケ岳)(長野) コバイケイソウ 7月中〜8月下
 74 三ノ沢岳(長野) コマウスユキソウ 7月上〜8月下
 75○空木岳(長野) イワギキョウ 7月上〜8月下
 76○塩見岳(静岡/長野) ミヤマシシウド 8月上〜9月下
 77◎荒川岳(悪沢岳)(静岡) シナノキンバイ 7月中〜8月上
 78○天城山(静岡) キョウマルシャクナゲ 5月上〜6月上
 79 石巻山(愛知) オドリコソウ 5月上〜6月下
 80 藤原岳(三重/滋賀) フクジュソウ 2月上〜4月下
 81 御在所山(三重/滋賀) アカヤシオ 4月中〜5月中
 82○大台ヶ原山(三重/奈良) ツクシシャクナゲ 5月中〜6月上
 83○伊吹山(滋賀/岐阜) イブキジャコウソウ 7月上〜7月下
 84 霊仙山(滋賀) イブキトリカブト 8月中〜10月下
 85 大江山(京都) タニウツギ 5月下〜6月上
 86 吉野山(奈良) ヤマザクラ 4月上〜4月下
 87●稲村ヶ岳(大峰山)(奈良) ヤマアジサイ 6月上〜8月下
 88●八経ヶ岳(大峰山)(奈良) オオヤマレンゲ 6月下〜7月上
 89○大山(島根) クガイソウ 7月下〜8月中
 90 三瓶山(島根) ヤマラッキョウ 10月上〜10月下
 91 蒜山(岡山/鳥取) ハンカイソウ 6月下〜7月上
 92 三嶺(徳島/高知) コメツツジ 7月上〜7月下
 93 東赤石岳(愛媛) オトメシャジン 7月中〜8月下
 94○石鎚山(愛媛) シコクイチゲ 6月下〜8月上
 95 多良岳(佐賀/長崎) オオキツネノカミソリ 7月下〜8月中
 96 雲仙岳(長崎) シロドウダン 5月上〜5月下
 97●大船山(久住山)(大分) ミヤマキリシマ 5月下〜6月中
 98○祖母山(宮崎/大分) アケボノツツジ 4月下〜5月中
 99●韓国岳(霧島山)(宮崎/鹿児島) キリシマミズキ 4月中〜4月下
100○宮之浦岳(鹿児島) ヤクシマシャクナゲ 5月下〜6月中

 以下のHPを参考にしました。
http://www.fan.hi-ho.ne.jp/yamanavi/i/306/306.htm
http://www.jade.dti.ne.jp/~hyakuzan/fhyaku/hanalist.htm