日本の47都道府県の最高峰についてホームページを
調べてみたところ、以下のような結果が得られました。
そこで都道府県最高峰と日本百名山との関連についても
調べてみました。

*は百名山が存在する都道府県、○は百名山

*北海道  ○大雪山・旭岳 (2290.3m)
*青森県  ○岩木山 (1624.7m)
*岩手県  ○岩手山 (2038.2m)
*秋田県    秋田駒ヶ岳・男女岳 (1637.4m)
*山形県  ○鳥海山・新山 (2236m) 
*宮城県  ○蔵王山・屏風岳 (1817.1m)
*福島県  ○燧ヶ岳・柴安□ (2356.0m)  
*茨城県    八溝山 (1022.2m)        
*栃木県  ○奥白根山 (2577.6m) 
*群馬県  ○奥白根山 (2577.6m) 
*埼玉県    三宝山 (2483.3m) 
  千葉県    愛宕山 (408.2m)
*東京都  ○雲取山 (2017.1m)
*神奈川県 ○丹沢・蛭ヶ岳 (1672.7m)    
*山梨県  ○富士山・剣ヶ峰 (3775.6m)  
*長野県  ○奥穂高岳 (3190m)    
*新潟県    小蓮華山 (2769.0m)  
*富山県  ○立山・大汝山 (3015m)   
*石川県  ○白山・御前峰 (2702.0m)
*福井県    二ノ峰 (1962.3m) 
*岐阜県  ○奥穂高岳 (3190m)    
*静岡県  ○富士山・剣ヶ峰 (3775.6m)  
  愛知県    茶臼山 (1415.2m)
*三重県  ○大台ヶ原・日出ケ岳 (1694.9m)
*滋賀県  ○伊吹山 (1377m)
  京都府    皆子山 (971.5m)
  大阪府    大和葛城山 (959.0m)   
*奈良県  ○大峰・八経ケ岳  (1914.9m)
  和歌山県  護摩壇山 (1372.0m)
  兵庫県    氷ノ山 (1509.8m)
*鳥取県  ○大山・弥山 (1711.0m)  
  島根県    恐羅漢山 (1346.4m) 
  岡山県    後山 (1344.6m)
  広島県    恐羅漢山 (1346.4m) 
  山口県    寂地山 (1337.0m) 
*徳島県  ○剣山 (1955.0m)
  香川県    竜王山 (1059.9m)
  高知県    三嶺 (1893.4m)
*愛媛県  ○石鎚山・天狗岩 (1982.0m)
  福岡県    釈迦岳 (1229.4m)
  佐賀県    多良岳・経ヶ岳 (1075.7m)
  長崎県    雲仙・国見岳(平成新山) (1347.0m)
*大分県  ○九重山・中岳 (1791.0m)
*熊本県    国見岳 (1738.8m)
*宮崎県  ○祖母山 (1756.0m)
*鹿児島県 ○宮ノ浦岳 (1935.3m)
  沖縄県    於茂登岳 (525.8m)

 以上から分かるように、
必ずしも都道府県の最高峰が百名山に入っている訳ではないようです。
百名山が存在しない府県も多数あるようですが、
中には
「百名山は存在するのに、その県の最高峰は百名山に入っていない」
という県もあるようです。
秋田県・茨城県・埼玉県・新潟県・福井県・熊本県がそれに該当
するようですが、これらの県の百名山は、以下のとおりです。

秋田県  八幡平
茨城県  筑波山
埼玉県  甲武信ヶ岳、両神山、雲取山
新潟県  越後駒ケ岳、平ヶ岳、巻機山、谷川岳、苗場山、妙高山、
火打山、雨飾山、高妻山
福井県  荒島岳
熊本県  阿蘇山

「最高峰だから有名」って訳ではないようですね。
さしずめこれらの県では、最高峰が王貞治で、百名山が長島茂雄、
ってとこでしょうか。

また、他県に山頂がある山の中腹がその県の最高地点である場合も
あるため、必ずしも県の最高峰=最高地点とはならないようです。
秋田県、福井県、大阪府がこれに該当しますが、
これらの府県の最高地点は以下のとおりです。

秋田県  鳥海山の中腹
福井県  打波ノ頭 (2095m)
大阪府  金剛山の中腹

 以下のホームページを参考にしました。
http://www.toron.co.jp/yama/todouken.htm